丝袜美腿 亚洲色图 卵白质组学大师数据库资源汇总

提到卵白质数据库，大师齐很老到了丝袜美腿 亚洲色图，基本上每个数据库齐会配备一个网页器具让大师查询约略作念一些节略的卵白质数据分析，以下是一些有名的卵白质组数据库：

TrEMBL: 由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）调节的卵白质数据库，提供基于UniProt法子的自动精通讯息。UniProt: 一个全面的、高质料的卵白质数据库，包含来自UniProtKB/Swiss-Prot的手动精通卵白质和来自TrEMBL的计较机精通卵白质。Human Protein Atlas: 一个面目，旨在分析所有这个词东说念主类卵白质在各式组织中的抒发和定位。STRING: 一个数据库和蚁合资源，提供已知和展望的卵白质-卵白质相互作用。

然则卵白质组数据库并不是卵白质数据库，主若是ProteomeXchange定约，它是一个通达的、大师的数据存储平台，挑升用于存储和分享质谱（MS）数据。它由多个卵白质组学数据存储库构成，包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。

比如咱们不错看到一个卵白质组学著述：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300483X20302912?via=ihub

Availability of data and materialThe proteomics data have been deposited to the ProteomeXchange Consortium via the PRIDE (Perez-Riverol et al.， 2019) partner repository with the dataset identifier PXD020248.

ProteomeXchange的场地是促进数据的顺次化、分享和再愚弄，扶助卵白质组学研究的进一步发展。它着力FAIR原则（可查找性、可造访性、互操作性和可重用性），以确保数据的质料和可用性。一般来说咱们老到iProX（海外卵白质组学疏浚平台）和PRIDE（卵白质组学执意数据库）即可：

iProX: iProX（海外卵白质组学疏浚平台）是一个由中国卵白质组学研究者配置的数据库，旨在存储和分享基于质谱的卵白质组学数据。iProX为科研东说念主员提供了一个平台，用于提交、解决和造访卵白质组学数据，扶助数据的顺次化和分享。iProX数据库也着力ProteomeXchange的数据顺次，促进了全球卵白质组学数据的整合和分析。PRIDE: PRIDE（卵白质组学执意数据库）是EMBL-EBI（欧洲生物信息学研究所）调节的一个数据库，它是ProteomeXchange定约的一部分。PRIDE挑升网罗和存储质谱数据，终点是卵白质和肽段的执意和定量信息。PRIDE数据库扶助用户上传数据、下载公开数据集，并提供了一系列的分析器具，匡助科研东说念主员进行卵白质组学研究。PRIDE（卵白质组学执意数据库）

是EMBL-EBI（欧洲生物信息学研究所）调节的一个数据库，不错通过同一：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?sortDirection=DESC&page=2&pageSize=20

稽查数据库现在有的数据集数目：List of Datasets (27273)

比如最近的一个大师数据集便是：Neutrophil-derived migrasomes are an essential part of the coagulation system， mouse.

不错很了了的看到这个pride数据库为这个数据集提供了raw体式的质谱仪器数据，以及卵白质组抒发量矩阵文献：

图片

小鼠-两分组-卵白质组-互异分析数据集

详备的数据集同一在：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD051229

不外咱们一般来说就掀开内部的ms220042-dia-20220111.xls文献进行后续的卵白质组抒发量互异分析即可

iProX（海外卵白质组学疏浚平台）

在 https://www.iprox.cn/page/BWV016.html 不错看到就 3，676 entries，因为是一个由中国卵白质组学研究者配置的数据库，是以绝大部分数据集齐是中国科研责任者提供的，而况绝大部分齐是在PRIDE（卵白质组学执意数据库）也有一个id，如下所示；

图片

3，676 entries，

随心点击一个数据集进去：https://www.iprox.cn/page/ProjectFileList.html?projectId=IPX0006535000

Proteome of Chinese Breast Cancers (FUSCC-Shao Lab)IPX0006535000PartialPXD042886Jiang YZ， Shao ZM. Molecular features and clinical implications of the heterogeneity in Chinese patients with HER2-low breast cancer. Nature Communications. 2023 Aug 22;14(1):5112-. doi:10.1038/s41467-023-40715-x.Zhiming ShaoZhiming ShaoFudan University Shanghai Cancer Center12023-06-11 08:40:12

也不错看到它的其它id，只需要有id就不错造访它在不同数据库内部的数据纪录，比如：

https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD042886https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD042886如果数据集并莫得提供卵白质抒发量矩阵文献

因为蓝本便是有许多不同的卵白质组学技巧平台，比如 DIA、Label Free和TMT符号，它们的各自的 数据预处理经由 也有点鉴别哦：

DIA（Data-Independent Acquisition）数据预处理经由：

Spectronaut搜库计谋：

fss 露出使用Spectronaut软件进行搜库，获取肽段和卵白的相对定量信息。数据log2调治、缺失值过滤和填充、数据顺次化，可能使用Combat去除批次效应。

DIA-NN搜库计谋：

使用DIA-NN进行搜库，得到相对定量值。进行log2调治、数据顺次化、缺失值处理，终末执意互异卵白。Label Free数据预处理经由：

Maxquant搜库计谋：

搜库成果提供Intensity、iBAQ、LFQ intensity三种定量值。数据log2调治、样本内中值或quantile顺次化、缺失值过滤和填充。进行互异定量分析。

Proteome Discoverer（PD）搜库计谋：丝袜美腿 亚洲色图

默许定量值为iBAQ。顺次化样式为FOT（Fraction of Total）。缺失值填充，选拔符合阈值进行填充。下流数据分析。TMT（Tandem Mass Tag）数据预处理经由：MSFragger搜库计谋：使用MSFragger进行搜库，得到pepXML体式搜库成果文献。愚弄Philosopher器具包进行肽段、卵白和翻译后修饰的定量和过滤。PeptideProphet进行肽段执意和考证，PTMProphet进行修饰位点执意。ProteinProphet用于卵白执意。使用Philosopher进行FDR过滤和定量，取得TMT reporter ion intensity。参考通说念样品更始，进行多重数据调治情切序化。log2调治、样本内中值顺次化、缺失值处理、批次效应去除、互异抒发分析。 本站仅提供存储就业，所有这个词本体均由用户发布，如发现存害或侵权本体，请点击举报。